Действие разворачивается вокруг Сьюзи — американки, которая уже много лет живет в Японии, привыкла к местному ритму жизни и строит планы на будущее вместе с мужем и маленьким сыном. Всё рушится в один момент, когда близкие пропадают без вести во время загадочной авиакатастрофе, и следов их не находят никаких.
Питер Гринуэй в «Интимном дневнике» строит визуальную метафору, в которой древняя японская традиция письма на свитках переплетается с телесностью, желанием и жаждой справедливости. Главная героиня Нагико с детства увлечена каллиграфией и средневековым трактатом Сэй Сёнагон «Записки у изголовья», который описывает тонкости придворной жизни, любовных утех и эстетику повседневных ритуалов.