Эта лента является завершающей частью экранизации культовой манги Хирому Аракавы, объединяющей сюжетные линии, не раскрытые в сериале 2009 года и первом полнометражном фильме 2017 года. Братья Эдвард и Альфонс Элрики, которые в детстве попытались вернуть к жизни мать через запретную алхимию, заплатившие Эдварду правую руку и левую ногу, а Альфонсу — всем телом, до сих пор не оставили попыток...
Действие ленты разворачивается в 1614 году, когда после многовековых раздоров Япония наконец объединилась под властью первого сёгуна Токугавы Иэясу. В условиях нового порядка старые конфликты не исчезают бесследно: две ниндзя-деревни, Кога и Ига, на протяжении поколений живут в состоянии непрерывной мести, и ни одно из селений не готово отказаться от вековых обид первым.