Семейные обязанности заставляют молодого Минато Кусуноки переехать в старый семейный дом на окраине японской деревни, где давно ходили слухи о нечисти и странных происшествиях. Парень не придавал этим рассказам особого значения, пока не обнаружил, что обладает необычной силой, которая разом очистила поместье от всех злых духов, скрывавшихся в его стенах и саду.
Юный мастер Инь-Ян — это экранизация популярного ранобэ Мидори Ёгаши, основанного на сюжетах японского фольклора о легендарном прорицателе Абэ-но-Сэймэе, жившем в эпоху Хэйан. Действие разворачивается в том же историческом контексте, но главным героем становится его внук, пятнадцатилетний Абэ-но-Масахиро, который с детства живет под гнетом славы деда.