Действие разворачивается в альтернативном Советском Союзе, где сверхъестественные явления только начинают фиксировать и изучать. 13-й клинической больницы еще нет в официальных реестрах, а власти уже запускают секретный проект по созданию медицинского учреждения, способного работать с пациентами, пострадавшими от контактов с необъяснимыми сущностями.
Герой сериала — оперативник российских спецслужб по прозвищу Варяг, который славится своей беспощадностью к преступникам и умением действовать в самых сложных условиях. Он работает под глубоким прикрытием, что позволяет ему проникать в самые закрытые криминальные структуры, а практически неограниченные полномочия дают возможность принимать оперативные решения без лишних согласований.
Действие сериала начинается 21 июня 1941 года, за день до начала Великой Отечественной войны. Офицер Красной армии Георгий Волков выполняет ответственное правительственное задание: он везет в Советский Союз партию изумрудов, предусмотренных торговым договором с Германией, а также сверхсекретные документы, ценность которых несравнимо выше любых драгоценных камней.