После того как Нео раскрыл истинную природу Матрицы и столкнулся с Архитектором, машинный мир готовится к решающему штурму Зиона — последнего города, где осталось свободное человечество. Жители оплота из последних сил укрепляют оборону, понимая что им предстоит сражаться с превосходящими силами противника, у которых нет и намека на жалость.
Действие фильма разворачивается в антиутопическом будущем, где перенаселение и истощение природных ресурсов заставили власти ввести жестокий режим контроля над населением. Одним из самых строгих законов стало положение, по которому каждая женщина имеет право родить только одного ребенка, а любые попытки нарушить это правило преследуются по всей строгости.