Пан Клякса в космосе — вторая часть экранизации популярной польской сказки для детей и подростков, снятая режиссёром Кшиштофом Градовским. Действие разворачивается спустя несколько лет после событий первой картины: волшебник живёт в последнем на Земле заповеднике, где охраняет редкие виды растений и животных, а его ученики учатся магии и решают повседневные задачи вместе с ним.
История главного героя фильма — гениального хирурга Рафала Вильчура — разворачивается после трагедии, которая сносит всю его прежнюю жизнь: в один день он теряет жену, дочь, работу, остается без денег и документов. Долгие годы он скитается, переживая тяжелые испытания, пока не находит приют в семье бедного мельника на польской провинции.