Действие фильма разворачивается в Германии во время Второй мировой войны, вскоре после того как высокопоставленный нацистский офицер получает назначение комендантом одного из концлагерей. Его семья, включая восьмилетнего сына Бруно, переезжает в новый дом на окраине лагеря, и мальчик не догадывается о истинном назначении соседнего объекта, считая его обычной фермой, где живут люди в странной...
Действие разворачивается спустя несколько лет после событий первой части, когда Хэллбой уже работает в Бюро Паранормальных Исследований и Развития, охраняя границы между привычным миром людей и скрытым царством фантастических существ, которые живут среди нас незаметно для большинства. Древнее перемирие между двумя мирами внезапно рушится, когда безумный правитель из скрытого царства решает...