Новый мультфильм по вселенной Super Mario развивает сюжет первого полнометражного фильма о приключениях знаменитого водопроводчика и его друзей. После того как Марио вместе с Луиджи и принцессой Пич сумел одолеть Боузера и вернуть порядок в Бруклин, героям кажется, что опасность миновала. Но вскоре они сталкиваются с коварным альянсом Варио и Боузера-младшего, которые объединили силы, чтобы...
После событий первой части легендарная команда злодеев, которая долгие годы грабила банки, обманывала честных горожан и ставила в тупик всю полицию города, успела полностью изменить свою жизнь. Герои устроились на обычные работы, делают добрые дела, учатся жить по правилам и даже пытаются заслужить прощение у тех, кого они когда-то обидели.