После того как Нео раскрыл истинную природу Матрицы и столкнулся с Архитектором, машинный мир готовится к решающему штурму Зиона — последнего города, где осталось свободное человечество. Жители оплота из последних сил укрепляют оборону, понимая что им предстоит сражаться с превосходящими силами противника, у которых нет и намека на жалость.
