Гильермо дель Торо переносит классическую историю о Пиноккио в контекст 1930-х годов, добавляя в сюжет отсылки к политической ситуации того времени в Италии. Режиссер не просто повторяет знакомый с детства сюжет о деревянной кукле, которая мечтает стать живым мальчиком, а предлагает зрителю глубокую размышление о том, что такое доброта, смелость и любовь к близким.
Знакомые зрителям по двум предыдущим частям неунывающие обитатели Центрального зоопарка Нью-Йорка — лев Алекс, зебра Марти, гиппопотамиха Глория и жираф Мелман, а также их верные друзья король Джулиан, Морис, Морт и команда пингвинов — снова отправляются в долгий путь, чтобы вернуться домой. После череды случайностей их маршрут пролегает через старинные города Европы, где они случайно...