Знакомые зрителям по двум предыдущим частям неунывающие обитатели Центрального зоопарка Нью-Йорка — лев Алекс, зебра Марти, гиппопотамиха Глория и жираф Мелман, а также их верные друзья король Джулиан, Морис, Морт и команда пингвинов — снова отправляются в долгий путь, чтобы вернуться домой. После череды случайностей их маршрут пролегает через старинные города Европы, где они случайно...
После того как жизнь на Мадагаскаре не оправдала ожиданий привыкших к комфорту обитателей нью-йоркского зоопарка, лев Алекс, зебра Марти, жираф Мелман и бегемотиха Глория решают отправиться в путь, чтобы вернуться домой. Но случайная поломка самолёта заносит всю компанию в африканские саванны, где Алекс неожиданно встречает свою семью, с которой был разлучён в детстве.
История начинается в Центральном зоопарке Нью-Йорка, где четверо неразлучных друзей — лев Алекс, зебра Марти, жираф Мелман и бегемотиха Глория — живут в полной безопасности, получают вкусную еду и внимание посетителей. Марти, устав от размеренного зоопаркового быта, решается на побег, и за ним без раздумий отправляются все остальные.
В огромном муравейнике, разделенном на строгие касты, веками действует незыблемый порядок: большинство особей трудятся с утра до ночи на строительстве и добыче пищи, а солдаты под командованием властного генерала Мэндибала постоянно сражаются с термитами, защищая границы колонии. Никто не осмеливается нарушать установленные правила, и ни у кого не возникает мысли о том, что жизнь может быть...