Снейк Айз — загадочный боец, о котором не известно практически ничего, кроме его жестокости в бою и беспринципности при выполнении заказов. Во время обычной охраны ценной сделки он спасает от покушения Томми, наследника могущественного древнего клана Арасикагэ, который хранит многовековые традиции ниндзя и владеет уникальными боевыми техниками.
Маргарет, американская преподавательница английского, переезжает в Токио, пытаясь оставить позади тяжёлые события из своей прошлой жизни, которые преследуют её в США. Днём она ведёт уроки для студентов, а вечером отправляется исследовать ночную жизнь мегаполиса, который для неё становится одновременно убежищем и ловушкой, полной неожиданных встреч и скрытых опасностей.