Действие картины разворачивается в 1942 году, во время немецкой оккупации Польши. 12-летний Ромек, сын добропорядочных еврейских родителей, чудом избежал отправки в концлагерь после ликвидации краковского гетто, и его родители принимают мучительное решение отправить его к дальним родственникам в тихую сельскую местность, где никто не догадается о его настоящем происхождении.
Пан Клякса в космосе — вторая часть экранизации популярной польской сказки для детей и подростков, снятая режиссёром Кшиштофом Градовским. Действие разворачивается спустя несколько лет после событий первой картины: волшебник живёт в последнем на Земле заповеднике, где охраняет редкие виды растений и животных, а его ученики учатся магии и решают повседневные задачи вместе с ним.