Продолжение истории Питера Паркера, который после событий первой части перезапуска франшизы всё ещё учится в школе, спасает жителей Нью-Йорка под маской Человека-паука и строит отношения с Гвен Стейси. Девушка ждёт от него решения о совместном будущем, но сам Питер до сих пор не может отпустить память о своём отце и сдержать обещание, данное отцу Гвен — держаться подальше от её дочери, чтобы...
После гибели опытного агента ЦРУ во время выполнения сверхсекретного задания руководство агентства сталкивается с непростой задачей: операцию необходимо завершить в сжатые сроки, иначе последствия будут катастрофическими для всей страны. Единственный вариант, который позволяет соблюсти секретность и не сорвать дело — занять место погибшего его брату-близнецу, который совершенно не имеет...