Полнометражный анимационный фильм 1999 года «Скуби-Ду и призрак ведьмы» стал вторым киноэкранным проектом в истории франшизы о знаменитой команде детективов-неудачников после долгого перерыва, и одним из первых совместных проектов студий США, Японии, Южной Кореи и Китая в этом формате. Сюжет разворачивается, когда Шэгги, Скуби, Фред, Дафна и Велма знакомятся с популярным автором романов ужасов...
После возвращения с Вулкана команда звезолета «Энтерпрайз» не готовится к празднованию успешной миссии по спасению Спока: на них уже ждет трибунал за целый список проступков — неподчинение прямым приказам Старфлота, угон и последующая ликвидация корабля, саботаж работы нового звезолета «Эксцельсиор».