Закрытая община, скрытая от внешнего мира, живет по своим жестким правилам, где каждый знает свое место, а любые сомнения в мудрости верховного гуру считаются тяжким грехом. Брат и сестра выросли в этой среде, не зная другой жизни, пока внезапное предложение гуру не разрывает их привычный уклад: девушка получает шанс войти в высший круг последователей, к которому остальные могут только мечтать.
Действие разворачивается в Германии XVII века, в разгар Тридцатилетней войны и эпидемии чумы, которые оставили 13-летнего Крабата сиротой. Бродя по дорогам в поисках еды и крова, мальчик таинственным образом оказывается на старинной мельнице, хозяин которой соглашается взять его в ученики. Со временем Крабат понимает, что это не обычное производственное предприятие: мельница служит школой...